二类医疗器械备案网上申请流程如下：
1.登录系统：访问国家药品监督管理局或当地食品药品监督管理局的guanfangwangzhan，找到网上办事大厅或相关业务办理系统，进行用户注册并登录。
2.填写备案申请表：在系统中找到“第二类医疗器械经营备案”事项，填写企业信息、产品信息、经营场所和设施设备情况等相关内容。
3.上传相关证书和报告：将企业的营业执照、产品注册证、质量管理体系文件、经营场所和设施设备证明文件、人员资质证明等材料扫描成电子版，上传至系统中。
4. 系统预审：提交申请后，系统会对上传的材料进行初步审核。如材料不齐全或不符合要求，系统会提示您补正材料。
5.等待审核：在通过系统预审后，您的备案申请将被提交至食品药品监督管理局进行人工审核。审核过程中，如有需要，监管机构可能会要求您提供纸质材料或进行现场检查。
6.审核结果反馈：审核通过后，您将收到备案成功的通知，并可在线打印《第二类医疗器械经营备案凭证》。若审核未通过，您需要根据反馈意见进行调整和补充材料，提交申请。
请注意，各地的网上申请流程可能存在细微差别，请您在办理前详细了解当地的规定。如需了解或寻求专业帮助，欢迎联系江苏捷诚医药咨询服务有限公司。