有机肥料含有多种养分, 有丰富的有机物, 可以加强微生物的活动, 肥效持久, 不仅可以陆续供应作物营养的需要,还可以改良土壤的水、热和通气的条件, 增进土壤熟化。
增加土壤有机质的方法主要是增施有机肥，包括人畜粪尿、土杂肥、秸秆、商品有机肥等。
中国自古就是农业大国，有着悠久的农耕历史，在肥料发展上也有着长期累积下来的经验，其中有机肥料一直占据重要的位置，在过去传统农业生产中，有机肥发挥了重要作用。
随着现代工业发展，化肥的施用亦越来越广泛，具有施用简便、和高产的特点，为农业生产发展做出了重大贡献。
但如果不遵循“以有机肥为主，化肥为辅”的施肥原则，长期单一、大量使用化肥，易造成土壤板结，地力下降，土质酸化严重，反而会制约作物产量，影响产品品质。
随着农业现代化的不断发展，有机肥在农业生产中的作用重新受到重视，用有机肥种出的农产品口感，能够有效保持瓜果蔬菜等本身特有的营养和味道。
有机肥料不仅可以阻止生态环境的恶化，提高环境质量，而且在农业生产方面也发挥着巨大的作用。
有机肥对农业生产的作用
提高土壤的培肥地力作用
土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有机肥料中的有机质增加了土壤中的有机质含量，使得土壤粘结度降低，砂性土壤保水保肥性能变强，从而土壤形成稳定的团粒结构，便可以发挥良好的肥力协调供应能力。用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃。
促进土壤微生物繁殖
有机肥料可以使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌等这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。
微生物在土壤中的繁殖速度非常，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染。
同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶。这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。长期持久使用有机肥可以改善土壤的质量。从根本上改善提高了土壤的质量，就不怕种不出的果实。
提供农作物所需的全面营养
有机肥料含有植物所需要的大量营养成分、微量元素、糖类和脂肪。
有机肥分解释放的CO2可作为物光合作用的材料。有机肥还含有氮、磷、钾5%三要素，有机质45%，可为农作物提供全面的营养。
同时，不得不提的是有机肥在土壤中分解，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附性能，对重金属离子有很好的络合吸附作用，能有效地减轻重金属离子对作物的毒害，并阻止其进入植株中，并且保护植腐殖酸物质物的根茎。