在化合物分子中bai，不同种原子形成共价键，由于du不同原子吸引电zhi子的能力不dao同，共用电子对必然偏向吸引电子能力强的一方，也就是说，靠近吸引能力强的原子一方电子云比较密集。因而吸引电子能力较强的原子就带部分负电荷，吸引电子能力较弱的原子就带部分正电荷。这样的共价键叫做极性共价键，简称极性键。分子中两个成键原子吸引电子能力的大小用元素的电负性来表示。O的电负性为3.5，H的电负性为2.1。所以O-H键是极性键，水分子是个极性分子。由于水分子中氧原子的电负性很强，原子的半径较小（0.099-0.138nm），所以一个水分子中的氧原子与另一个水分子中的氢原子相互吸引，也就是在两个分子间生产的一种较强的静电吸引作用，这种分子间的静电吸引作用就是氢键。水分子间有较强的氢键，每个水分子中氧原子周围以两个共价键和两个氢键与氧原子结合。氢键增加了水分子间的结合力。氢键的键能比共价键的键能小得多。
在天然水中，通常是许多水分子通过氢键结合起来，形成环状或直线链状的构造，成为缔合的分子簇团。水中氢键的存在使水形成独特而易变的结构。对水施加任何作用，都会接力式地传播给几千个原子。在温度、压力或磁场等各种外界作用下，水结构会发生变化。氢键的断裂是水结构变化的必要前提。这种变化需要消耗能量。水加热沸腾，在气化过程中就破坏分子间的氢键，以单个的H2O存在。
对水进行充分的良好的磁处理之后，许多氢键被切割开，使水中富含小分子团和更为活泼的单个游离水分子，原子的电子云层也被切割异化，有的得到电子，有的失去电子，经紫外光谱透过率或吸光度检测比较，可知其离子浓度高，成为离子水。对这种水进行的物理测试，水的粘度比未经处理的更小,水的电导率比未经处理的更大。水的电导率取决于离子的浓度和迁移率。所以，天然水经过良好的磁处理之后，水被切割成富含小分子团的离子水。这是一种“松散”的或“分散”的水，具有更大的活性，更容易进入，更好地参与生物化学作用。这种水可简称小分子水。
小分子水只是物理性质变了，化学性质并没有变。所以加无水硫酸铜，变蓝则有，也可以加生石灰，碱石灰等等。
